La Chiesa di San Francesco in Ostra, insieme al convento dei frati Minori Conventuali, risale almeno al 1279.

L’attuale chiesa, tuttavia, è stata costruita intorno alla meta del XIV secolo come "ecclesia nova Fratrum Minorum", ma subito divenne anche "ecclesia Comunis" e fu sempre considerata come la seconda "casa del Comune": infatti qui si riunivano il Consiglio generale ed il Parlamento; qui in un armadio, situato nella sacrestia, si conservano le principali carte del Comune. In questa chiesa sono venerate, probabilmente fin dal XV secolo, le reliquie di San Gaudenzio da Rimini, dapprima collocate sotto il campanile, in seguito nella cappella appositamente costruita e dedicata al santo.

Nel XVIII secolo, dopo il disastroso terremoto del 703, la chiesa venne restaurata ed il convento non solo riparato, ma notevolmente ampliato con l’aggiunta di una nuova ala, che gli ha conferito l’attuale imponenza. Nell’800, a causa delle leggi di soppressione degli ordini religiosi, la chiesa ed il convento di San Francesco conobbero varie peripezie, fino a quando dopo l’annessione delle Marche al Regno d’Italia, i frati minori conventuali vennero espulsi definitivamente ed i loro beni incamerati dallo Stato. Ne divenne "consegnatario" il Comune, che affidò la chiesa ad un cappellano affinchè la officiasse.

Nel 1884, tuttavia, l’amministrazione comunale decise di trasformare la chiesa nel "mercato coperto cittadino".

Solo l’opposizione della cittadinanza e delle autorità religiose fecero sì che la chiesa non fosse demolita, ma solo arretrata in modo da dar luogo ad un porticato sia sulla facciata sia sul lato sinistro con la conseguente demolizione della quarta cappella a destra e del primo altare a sinistra. In seguito con le successive amministrazioni comunali i rapporti divennero più tranquilli tanto che, essendo la chiesa parrocchiale di Santa Lucia "angusta, umida e oscura", si giunse nel 1899 alla permuta di questa con la chiesa di San Francesco, anche per il fatto che in quest’ultima erano custodite le spoglie del Santo Patrono della città. Ecco perchè questa chiesa di San Francesco è divenuta sede della parrocchia di Santa Lucia.

La Chiesa di San Francesco è facilmente accessibile a tutti.